Komaru Naegi lleva recluida desde que ocurrió el “más trágico y desesperanzador incidente de la historia de la humanidad” esperando a poder huir de su cautiverio y salir al mundo exterior. Finalmente, ese día llega, pero será muy diferente de lo que había esperado. Un grupo autoproclamado los Guerreros de la Esperanza formado únicamente por niños ha proclamado la guerra a los adultos y los condenará a su ejecución inminente utilizando para ello hordas de Monokumas que acaban con las vidas de los habitantes de Towa sin ningún miramiento. Komaru se encuentra en el centro de mira de este grupo y tendrá que participar en su juego para escapar de esta pesadilla, aunque no estará sola, Touko Fukawa le acompañará porque ella también tiene una misión: rescatar a su amado Byakuya Togami, el cual parece haber caído en las garras también de los Guerreros de la Esperanza. ¿Podrán llegar a entenderse las dos y cooperar para escapar de la desesperación una vez más?